Lietuvos archyvų generalinės direkcijos prie Lietuvos Respublikos Vyriausybės 1992 m. gruodžio 29 d. įsakymu Nr. 109 nuo 1993 m. sausio 1 d. įsteigiamas Dokumentų komplektavimo ir raštvedybos skyrius prie Lietuvos archyvų generalinės direkcijos kaip būsimo valstybės naujausių dokumentų archyvo struktūrinis padalinys. Jame numatomos 4 pareigybės: skyriaus vedėjas ir 3 vyriausieji archyvistai bei skiriamas darbo kabinetas Mindaugo g. 8, Vilniuje.
Dokumentų komplektavimo ir raštvedybos skyrius Lietuvos archyvų generalinės direkcijos 1993 m. spalio 19 d. įsakymu Nr. 157 reorganizuojamas, įsteigiamas Lietuvos valstybės naujasis archyvas (toliau – LVNA). Tuo pačiu įsakymu LVNA pavesta komplektuoti ir saugoti valstybinės valdžios ir valdymo institucijų, Vilniaus vietinių valdžios ir valdymo institucijų, kitų valstybinių įstaigų dokumentus, taip pat nevalstybinių juridinių asmenų nuolatinio saugojimo dokumentus, susidariusius po 1990 m. kovo 11 d. bei fizinių asmenų veiklos dokumentus, turinčius išliekamąją istorinę vertę. Nuo 1993 m. pabaigos iki 2019 m. rugsėjo LVNA vadovavo Irena Kasciuškevičiūtė. Tais pačiais, 1993-aisiais, priimti saugoti ir pirmieji – 1993 m. Respublikos Prezidento rinkimų – dokumentai.
Šiandien Lietuvos valstybės naujojo archyvo misija yra kaupti, saugoti Lietuvos Respublikos valdžios, rinkimų, teismų, kontrolės, aplinkos apsaugos, finansų, mokesčių, kultūros, švietimo, nacionalinio saugumo, krašto apsaugos, socialinės apsaugos, susisiekimo, ryšių, sveikatos apsaugos ir priežiūros, teisėtvarkos ir teisėsaugos, ūkio, žemės ūkio ir kitų įstaigų veiklos dokumentus (nuo 1990 m.), privačių juridinių ir fizinių asmenų perduotus dokumentus, iš kitų valstybių gautus dokumentus; pagal kompetenciją prižiūrėti, kaip įgyvendinami teisės aktuose nustatyti dokumentų ir archyvų valdymo ir naudojimo reikalavimai, teikti metodinę pagalbą valstybės institucijoms, įstaigoms ir įmonėms dokumentų valdymo srityje; saugomų dokumentų pagrindu išduoti pažymas, išrašus, kitus dokumentus juridiniams faktams patvirtinti.
Archyvas priima ir saugo ne tik rašytinius, bet ir elektroninius dokumentus. Lietuvos valstybės naujajame archyve 2023 metų duomenimis saugoma 218 dokumentų fondų, kuriuos sudaro apie 160000 apskaitos vienetų, įrašytų į 359 apyrašus, tarp jų ir elektroniniai dokumentai. Saugomi popieriniai dokumentai užima apie 4020 m lentynų. Atidarius naujas dokumentų saugyklas O. Milašiaus g. 25, šiuo metu jos papildomos naujais dokumentų fondais.
Archyvas saugo Lietuvos Respublikos Aukščiausiosios Tarybos-Atkuriamojo Seimo, Lietuvos Respublikos Seimo, Lietuvos Respublikos Prezidento, savivaldybių rinkimų dokumentus, likviduotų ir reorganizuotų ministerijų, valstybės valdžios ir valdymo, politinių ir visuomeninių organizacijų dokumentus. Vienas svarbiausių Archyve saugomų dokumentų – Lietuvos Respublikos Aukščiausiosios Tarybos 1990 m. kovo 11 d. Aktas dėl Lietuvos Nepriklausomos Valstybės atstatymo (su deputatų parašais), kurį Lietuvos nacionalinė UNESCO komisija 2006 m. kovo 30 d. pripažino regioninės reikšmės dokumentinio paveldo objektu ir įtraukė į UNESCO programos „Pasaulio atmintis“ Lietuvos nacionalinį registrą; likviduotų ir reorganizuotų ministerijų, valstybės valdžios ir valdymo, politinių ir visuomeninių organizacijų dokumentus: Lietuvos Sąjūdžio, Lietuvių tautininkų sąjungos (LTS), Amerikos Lietuvių Tautinės Sąjungos, Lietuvos Respublikos piliečių chartijos, Nepriklausomybės partijos, Lietuvos socialdemokratų partijos (LSDP), Lietuvos demokratinės darbo partijos (LDDP), politinės partijos „Lietuvos krikščionys demokratai“, Moderniųjų krikščionių demokratų sąjungos (MKDS), Lietuvos lenkų sąjungos (LLS), Naujosios sąjungos (socialliberalų), Nepriklausomybės partijos, Lietuvos pasaulietinės kultūros draugijos (LPKD), Lietuvos taikos forumo.
Lietuvos valstybės naujajame archyve saugomą asmenų fondų kompleksą sudaro 1990 m. kovo 11 d. akto signatarų Vytenio Povilo Andriukaičio, Kazimiero Antanavičiaus, Virgilijaus Juozo Čepaičio, Bronislovo Genzelio, Bronislovo Juozo Kuzmicko, Kazimiero Motiekos, Sauliaus Pečeliūno, Aleksandro Ambrazevičiaus, Lietuvos katalikų dvasininko, monsinjoro Alfonso Svarinsko, skulptoriaus Jono Jagėlos, žurnalisto, politiko Algimanto Degučio politinės ir profesinės veiklos dokumentai.
Lietuvos Respublikos Seimo kanceliarija Lietuvos valstybės naujajame archyve saugomo fondo Nr. 9 „Dokumentų rinkinys „1991 m. sausio 13 d. įvykiai“ skenuotus dokumentus (tekstus, schemas, nuotraukas ir kt.) pateikia internete (http://www3.lrs.lt). Lietuvos nacionalinė Martyno Mažvydo biblioteka šiuos dokumentus pateikia interneto svetainėje „Sausio 13-oji tautos atmintyje" (http://www.laisve15.lt).