Į Lietuvos valstybės naujojo archyvo komplektavimo šaltinių sąrašą įrašytos Lietuvos Respublikos valdžios, rinkimų, teismų, kontrolės, aplinkos apsaugos, finansų, mokesčių, kultūros, švietimo, nacionalinio saugumo, krašto apsaugos, socialinės apsaugos, susisiekimo, ryšių, sveikatos apsaugos ir priežiūros, teisėtvarkos ir teisėsaugos, ūkio, žemės ūkio ir kitos įstaigos, veikiančios nuo 1990 m. Privačių įstaigų, papildysiančių Nacionalinį fondą, sąrašas pateikiamas čia.
Archyvo fondai. Lietuvos valstybės naujajame archyve 2023 metų duomenimis saugoma 218 dokumentų fondų, kuriuos sudaro apie 160000 apskaitos vienetų, įrašytų į 359 apyrašus, tarp jų ir elektroniniai dokumentai. Saugomi popieriniai dokumentai užima apie 4020 m lentynų. Atidarius naujas dokumentų saugyklas O. Milašiaus g. 25, šiuo metu jos papildomos naujais dokumentų fondais.
Archyvas saugo Lietuvos Respublikos Aukščiausiosios Tarybos – Atkuriamojo Seimo, Lietuvos Respublikos Seimo, Lietuvos Respublikos Prezidento, savivaldybių rinkimų dokumentus, tarp jų ir Lietuvos Respublikos Aukščiausiosios Tarybos 1990 m. kovo 11 d. Akto dėl Lietuvos Nepriklausomos Valstybės atstatymo (su deputatų parašais) originalą, kurį Lietuvos nacionalinė UNESCO komisija 2006 m. kovo 30 d. pripažino regioninės reikšmės dokumentinio paveldo objektu ir įtraukė į UNESCO programos „Pasaulio atmintis“ Lietuvos nacionalinį registrą; likviduotų ir reorganizuotų ministerijų, valstybės valdžios ir valdymo, politinių ir visuomeninių organizacijų dokumentus: Lietuvos Sąjūdžio, Lietuvių tautininkų sąjungos (LTS), Amerikos Lietuvių Tautinės Sąjungos, Lietuvos Respublikos piliečių chartijos, Nepriklausomybės partijos, Lietuvos socialdemokratų partijos (LSDP), Lietuvos demokratinės darbo partijos (LDDP), politinės partijos „Lietuvos krikščionys demokratai“, Moderniųjų krikščionių demokratų sąjungos (MKDS), Lietuvos lenkų sąjungos (LLS), Naujosios sąjungos (socialliberalų).
Lietuvos Respublikos Seimo kanceliarija Lietuvos valstybės naujajame archyve saugomo fondo Nr. 9 „Dokumentų rinkinys „1991 m. sausio 13 d. įvykiai“ dokumentus (tekstus, schemas, nuotraukas ir kt.) skenuoja ir pateikia internete (http://www3.lrs.lt).
Lietuvos nacionalinė Martyno Mažvydo biblioteka šiuos dokumentus pateikia interneto svetainėje „Sausio 13-oji tautos atmintyje (http://www.laisve15.lt).
Lietuvos valstybės naujajame archyve saugomą asmenų fondų kompleksą sudaro 1990 m. kovo 11 d. akto signatarų Vytenio Povilo Andriukaičio, Kazimiero Antanavičiaus, Virgilijaus Juozo Čepaičio, Bronislovo Genzelio, Bronislovo Juozo Kuzmicko, Kazimiero Motiekos, Sauliaus Pečeliūno, žurnalisto, politiko Algimanto Degučio politinės ir profesinės veiklos dokumentai.